ზედაზნის მონასტერი მდებარეობს მცხეთიდან ჩრდილო დასავლეთით, საგურამოს ქედის უმაღლეს მწვერვალზე (ზ. დ. 1350 მ.).ეს სახელი მას უწოდეს მისი თანდათან  ამაღლების გამო. „ზედაზენი კიბედ ზეცისა სდგასო“ - ამბობს ხალხური თქმულება. ლეგენდის მიხედვით ამ მთისათვის უწოდებიათ კერპი ზადენის სახელი, რომელიც ხალხის სათაყვანებელი გმირი ყოფილა და ბრძოლაში დაღუპილა. მეფე ფარნაჯობს(112- 99 წ. ძვ. წ.)  ამ მთაზე აღუმართავს კერპი. ეს კერპი  იდგა ამ მთაზე IV -საუკუნის პირველ ნახევრამდე, როდესაც საქართველომ ქრისტიანობა მიიღო.
         ზედაზნის მთაზე სამონსატრო ცხოვრებას საფუძველი ჩაუყარა ასურელ მამათგანმა იოანე ზედაზნელმა, VI საუკუნეში.  ღირსმა იოანე ზედაზნელმა სასულიერო განათლება ანტიოქიაში მიიღო. ჯერ კიდევ სრულიად ახალგაზრდამ დატოვა მაცდური წუთისოფელი, მონაზვნად აღიკვეცა და უდაბნოში წავიდა სამოღვაწეოდ. ერთხელ ღირს იოანეს ყოვლადწმიდა ღვთისმშობელი გამოეცხადა და უბრძანა, მოწაფეთა შორის თორმეტი ბერი აერჩია და მათთან ერთად საქართველოში წასულიყო, რათა ქრისტეს სჯული განემტკიცებინა. წმიდა იოანემ ღვთისმშობლის ბრძანება თავის მოწაფეებს გამოუცხადა. ხანგრძლივი მარხვისა და ლოცვის შემდეგ ღვთის მინიშნებით მოწაფეთაგან თორმეტი გამოარჩია: შიო, დავითი, ანტონი, ისე, იოსები, თადეოზი, სტეფანე, ისიდორე, მიქაელი, პიროსი, ზენონი და აბიბოსი. საქართველოს მეფეს და კათოლიკოსს ანგელოზისგან ეუწყათ შუამდინარეთს აღმობრწყინებულ წმიდა მამათა საქართველოში მობრძანების შესახებ. მცხეთას მოახლოებულ მამებს წინ მიეგებნენ მეფე ფარსმანი და კათოლიკოსი ევლავიოსი კრებულითურთ. ევლავიოს კათოლიკოსის კურთხევით წმიდა იოანე მოწაფეებთან ერთად ზედაზნის მთაზე დასახლდა. მოღვაწეები უბადრუკ სენაკებში ცხოვრობდნენ და მხოლოდ მცენარეულით იკვებებოდნენ. ხალხმა გაიგო წმიდა იოანეს სასწაულები. ბევრს აღეძრა მონაზვნური ცხოვრების წრფელი სურვილი, ბევრმა დატოვა სოფლის ამაო, შფოთიანი ცხოვრება და ზედაზენს დაემკვიდრა სამოღვაწეოდ. ამგვარად, ზედაზნის მთა განდეგილთა სამყოფელი გახდა. ერთ ღამეს წმიდა იოანეს ყოვლადწმიდა ღვთისმშობელი გამოეცხადა და უბრძანა, თავისი მოწაფეები სხვადასხვა მხარეს გაეგზავნა საქადაგებლად. მეორე დღეს მან შეკრიბა ისინი, უამბო, რაც იხილა და უთხრა: „სარგებლისათვის ამის ქუეყანისა წარმოგუავლინნა უფალმან ღმერთმან ჩუენმან იესუ ქრიტემან, რამეთუ ახალ ნერგ არიან კაცნი ესე ამის სოფლისანი, ამისათჳსცა ჯერ არს, რაჲთა წარხჳდეთ კაცად-კაცადი და განამტკიცებდეთ ძმათა, რომელთა აღუარებიეს ქრისტე, უფალი ჩუენი“. მოწაფეების გასტუმრების შემდეგ წმიდა იოანე ზედაზენზე დარჩა, დატოვა თავისთან ილია დიაკონი (ხს. 4 იანვარს) და ჩვეულ მოღვაწეობას შეუდგა. მოძღვარმა და მოწაფემ მრავალი წინააღმდეგობა და განსაცდელი დაითმინეს. ზედაზენი უწყლო ადგილი იყო. ილია დიაკონი ყოველდღე შორი მანძილიდან ეზიდებოდა წყალს. მოწაფის ფიცხელი შრომის შემხედვარე წმიდა იოანემ უფალს წყაროს აღმოცენება სთხოვა. სახიერმა უფალმა ისმინა ვედრება წმიდისა ბერისა და მთის მწვერვალზე მაკურნებელი წყარო აღმოცენდა.  წმიდა იოანეს ლოცვით აღმოცენებულ წყაროს დათვი შეეჩვია. წმიდა იოანეს ლოცვით მხეცი მოთვინიერდა.  ხანგრძლივი მოღვაწეობის შემდეგ წმიდა იოანეს უფლისაგან გამოეცხადა აღსასრულის მოახლოება. ღირსმა მამამ იხმო თავისი მოწაფეები, დაარიგა და აკურთხა. ღრმად მოხუცებული ღირსი მამა იოანე 573 წელს გარდაიცვალა.

         მისმა მოწაფეებმა და თანამოღვაწეებმა იოანე ჯერ ზედაზნის ძირას მდებარე მონასტერში წაასვენეს. მოულოდნელად მიწა იძრა და არ დაწყნარებულა მანამ, სანამ არ გაიხსენეს წმიდა მამის ანდერძი და არ გულისხმაჰყვეს, რომ ეს მიწისძვრა ზეციური ნიშანი იყო. წმიდა იოანეს მოწაფენი მღვდლებისა და დიაკვნების თანხლებით მოძღვრის საფლავთან მივიდნენ, პატივით აღმოიყვანეს წმიდა ნაწილები და ანდერძისამებრ დაასაფლავეს. სადაც მალევე აშენდა პატარა ეგვტერი.  წმიდა ნაწილთა აღმოყვანების ჟამს მრავალი სნეული და ეშმაკეული განიკურნა.
         VIII საუკუნის მესამე მეოთხედში კათალიკოსმა კლემენტოსმა აქ ააგო წმიდა იოანე ნათლისმცემლის სახელობის  სამნავიანი ბაზილიკა და იოანეს ეგვტერი მასში ჩართო, როგორც ბაზილიკის ჩრდილოეთ ნავის შემადგენელი ნაწილი. წმიდა იოანე ზედაზნელის საფლავი არის ტაძრის სამკვეთლოსთან.
        შემდგომ საუკუნეებში მონასტერი გაშენდა და კეთილემოეწყო. 1479 წლიდან ზედაზნის მონასტერში ზედგენიძე-გურამიშვილების საგვარეულო საძვალე იყო. 1705 წელს აქ სამონასტრო ცხოვრება დროებით შეწყდა.
         XVIII საუკუნეში აიგო სამრეკლო და ბერის საცხოვრებელი სენაკი. ამავე საუკუნეში ეკლესია განაახლა კათოლიკოსმა დომენტიმ. XIX ს, ეპისკოპოს ალექსანდრე ოქროპირიძის წინამძღვრობის დროს, კვლავ განახლდა სამონასტრო ცხოვრება.  მონასტერი წარმოადგენდა მწიგნობრულ და მთარგნელობით ცენტრს, მაგრად სამწუხაროდ მტერთა შემოსევების შედეგად აქ შექმინილი ნამუშევრებიდან აღარაფერი შემოგვრჩა.
         მონასტერი ძლიერ დააზარელეს ლეკებმა, რომლებიც XVIII საუკუნეში მომდებარე ტყებში ჩაბუდებულან და იქიდან ესხმოდნენ თავს სოფლებს.
         1889 წელს ეკლესია შეაკეთა გურია-სამეგრელოს ეპისკოპოსმა ალექსანდრემ. 1915-22 წწ. მონასტერი გაპარტახდა. 1926-27 წწ. ეკლესიის X-XI საუკუნეების კანკელის ფრაგმენტები გ. ჩუბინაშვილის ხელმძღვანელობით ააწყო ა.ოლინკევიჩმა (ინახება საქართველოს ხელოვნ. სახელმწიფო მუზეუმში). 1970-71 წწ. ნ. ჩუბინაშვილის ხელმძღვანელობით ჩატარდა აღდგენითი, საკონსერვაცია და კეთილმოწყობის სამუშაოები, მათ შორის გაიხსნა იოანე ზედაზნელის საფლავი და დაედგა ახალი ქვა.
         ზედაზნის მონასტერში გაატარა თავისი ცხოვრების უკნასკნელი წლები წმიდა ექვთიმე აღმსარებელმა (ესტატე კერესელიძე), რომელიც მონასტრის ეზოშია დაკრძალული.
        ზედაზნის მონასტერთან არის ციხის ნანგრევები, იგი ერთ ერთი ძლიერი და გამაგრებული ციხე ყოფილა. ისტროული ფაქტებიდან აღსანიშნავია 1101 წლის ბრძოლა, როდესაც დავით აღმაშენებელმა ზედაზნის ციხეში თავშეფარებული თურქ-სელჩუკთა და კახეთის მეფის კვირიკეს ლაშქარი საბოლოოდ გაანადგურა.
         1946 წლის 17 იანვარს ზედაზნისა და საგურამოს ტყეები ნაკრძალად გამოცხადდა.